Les macro-caractéristiques de l'habitat sont actuellement largement utilisées pour inférer les assemblages d'espèces qui leur sont associés dans le contexte de l'extension de la protection marine et de la mise en œuvre de la directive relative à la planification de l'espace territorial marin par les acteurs institutionnels. Cependant, il reste de grandes lacunes pour lier explicitement les caractéristiques fonctionnelles des espèces et les propriétés de l'habitat. Cette question est particulièrement délicate dans les habitats hébergeant des espèces ingénieures de l’écosystème dont la structure évolue en même temps que la population d’ingénieurs et la croissance individuelle. Par ingénieur d’écosystème, on entend les organismes qui, en provoquant des modifications des conditions physiques ou biogéochimiques locales, contrôlent directement ou indirectement la disponibilité de ressources (autres qu'eux-mêmes) pour d'autres organismes et modifient, maintiennent ou créent des habitats. Les ingénieurs autogèniques modifient leur environnement lors de changements physiques, tandis que les ingénieurs allogéniques modifient leur environnement.
En fait, les gorgones, les coraux ou les invertébrés chimiosynthétiques interagissent avec leur environnement physique et chimique en contrôlant le gradient d'oxygène, de CO2 / pH et de nutriments organiques et inorganiques à leur interface. Les modifications de l’environnement par les espèces ingénieures d' écosystème ont été largement étudiées à l’échelle macroscopique, mais on en sait beaucoup moins à l’échelle micro où ces échanges se produisent et leurs effets sur le biote associé. L'hypothèse avancée dans cet axe est que les microclimats hydrodynamiques ou biochimiques associés à certains ingénieurs de l'écosystème benthique sont essentiels pour faciliter ou inhiber les fonctions permettant aux assemblages d'espèces de réagir aux fluctuations de l'environnement (y compris les perturbations naturelles et anthropiques).
